作为一个严肃认真的科学家，青年时代的达尔文对自己的理论也不无怀疑。1859年达尔文发表了他的《物种起源》一书，他在书中对当时已发现的志留纪化石表示了极大的困惑。该书第313页这样写道：「我深信志留纪的三叶虫起源于志留纪之前的甲壳类的祖先，如果我的理论是正确的话，那么这段时间是很长的，甚至比志留纪到今天所代表的时间还要长得多，……这一事实到目前仍是令人费解的，这将可能成为反对本书所持观点最有力的证据」。达尔文所期待的寒武纪之前的甲壳类的祖先至今没有被发现，而发现的化石证明，三叶虫以及更复杂的动物都是在寒武纪突然出现的。

其实，越来越多的考古发现证实人类在几十万，几百万，甚至上亿年前就出现过文明， 按照达尔文进化论根本解释不了，这些事情非常多。现在科技界发现的东西足以改变我们今天的教科书了。人类固有的旧观念形成一套工作、思维方法后，很难改变。从而让这个连达尔文自己都不能确定的进化论仍占有主导地位。