九月二十六日，中央政治局常委会召开了组织生活会议。

根据中央政治局在二００二年十二月七日第四次会议上通过的决议：政治局常委会、政治局每月召开一次党组织生活会议，会议宗旨：交流思想工作和展开批评和自我批评，一般都安排在月初或月下旬。

黄菊自我批评并请辞

在九月二十六日的政治局常委组织生活会议上，黄菊作了自我批评，并向中央政治局常委会提出：辞去政治局常委、政治局委员、中央委员、国务院副总理职务。

黄菊自我批评说：近日，邦国同志、庆红同志和我作了多次交心谈话，使我深深感到自己的过失和失责，给老书记（江泽民）、老市长（朱镕基），给上海市委、市政府带来了沉重的政治压力和后遗症，万分沉痛。中纪委吴官正同志代表中央政治局、中纪委，就若干上海市委、市政府主要负责人的情况及本人配偶、亲属在金融、经济领域的表现，和我交换意见，我也作了初步的阐述和解释。由于政治环境、人事等多方面复杂因素，经多翻思考，作出抉择，请中央政治局常委会、政治局，接受本人辞去政治局常委、委员、中央委员、国务院副总理等党内外职务，返家乡（浙江省嘉善）休养。

黄菊请辞的三点理由

黄菊在提交的请辞报告中，列出了三点理由：（一）健康状况，需要长期休养配合医治，病情趋向反复：（二）从上海市委陈良宇同志的问题的披露，涉及到金融、经济违法活动，涉及到组织人事上的严重失职、渎职，也涉及到我本人在上海主持工作期间的责任；（三）陈良宇等同志事件公开化后，本人深受政治上的压力，工作展开会困难，而且会给中央领导集体班子的声誉造成影响。

政治局常委会对黄菊请辞意见分歧

对于黄菊的请辞，政治局常委会内部意见分歧，有纷争。

吴官正、罗干指出：应当接受并交中央政治局讨论。

吴邦国、曾庆红提出：从更有利于党内团结、党内外人心稳定，有利于党的十七大召开，有利于把上海问题的影响程度减少，不宜接纳黄菊的请辞要求。

贾庆林、李长春提出：现阶段要防止反腐败过界线，要防止社会上有敌对势力借上海问题来否定一切，更要防止境外、外国敌对势力乘机制造政治、社会的混乱。

陈良宇落马，上海干部矛头直指黄菊、曾庆红

上海市委陈良宇一伙出事后，市委、市政府、市人大、市纪委的干部，纷纷都向中央政治局、中纪委提出：谁破格重用陈良宇？谁一再包庇陈良宇的劣迹？谁做陈良宇后台在沪搞官僚阶层操控上海金融、国土、工程？谁纵容上海市委搞“独立王国”？矛头直指黄菊、曾庆红。

黄菊检查五大过失

黄菊检查五大过失，强调他在九四年中至二００二年主持上海工作期间，（一）忽视了抓党的建设和班子的政治思想建设、精神文明建设，在成绩面前沾沾自喜，滋长骄气，助长了大上海主义蔓延，和各地方的关系长期紧张；（二）在使用、晋升干部上，只看表面、看个人私交，形成任人唯亲的风气；（三）有举报，九四年中接任市委书记后，从原机电局提拔了三十一名科、处级干部到市委、市政府担任组织、宣传、人事、市委办等要职，二００二年十一月，到京任职后，从上海调入八人到京，其中有二人被中组部退回，原因是有组织结论：不能重用；（四）对于班子内部宗派主义、小山头主义的活动，没有严肃、认真对待，导致党内生活不正常，派生出不少问题；（五）对于亲属在经济、金融领域中享有非法、不正常的特权利益，没有认真对待和处理。

黄菊如何包庇陈良宇

黄菊承认：陈良宇九六年十月任市委副书记、常务副市长时，党内、社会上评议很差、阻力很大，其中反映集中指：陈良宇在业绩上弄虚作假；和社会上黑道势力关系不正常；生活作风腐化、糜烂等。但黄菊对此却没作任何跟进核实，找陈良宇交待过，而是把反映材料封存了。

黄菊对以上的检查，是中纪委工作组到上海后即封存了市委档案室、市纪委档案室后，找到了有关材料，并在中央政治局内部公开，引起了震惊而作出的。