在中国，牛顿被刻意塑造成因为晚年投身于宗教，所以在科学研究上一事无成的样子。这种歪曲让不少人以为他早年众多的科学发现是在所谓的“自发的唯物主义”或者是“无神论”的世界观指导下做出的，而其晚年的宗教信仰阻碍了科学创造。

然而事实上，牛顿在从事科学研究之前就已经是一位虔诚的基督徒了，并且对上帝的信仰终生未改。

牛顿早年在剑桥大学读书时，经常在笔记本或课本的空白处写下他的祷告，至今仍有许多保存在大英博物馆中。牛顿曾写下这样的忏悔文：“主啊，赦免我！因为我的心想以赚钱为乐，多于渴想你的同在。……但是在圣餐聚会里，我的心又重新与你联合。”

牛顿和他的室友魏克金斯还经常在校外分发圣经给穷人，同他们传福音。因此，购买要分发的圣经成为牛顿学生生涯中除了房租与伙食费外最大的花费。

牛顿也曾经怀疑过神，但是，当他对科学的认知越来越深刻时，对上帝的信仰也更加坚定，他曾说：“我从宇宙的神奇知道有神。”，“毫无疑问，我们所看到的这个世界，其中各种形式是如此绚丽多彩，各种运动是如此错综复杂，它不是别的，而只能出于指导和主宰万物的上帝的自由意志。”，“无神论者太不敏感了，当我观看太阳系时，我看到了地球与太阳的距离，恰好是能吸收适当的热与光的距离，我想这绝不是偶然的。”

而牛顿后来的科学成就显然和他对神的信仰有密切关系，他认为：“从事物的表象来论上帝，无疑是自然哲学份内的事。只有在科学工作里揭示和发现上帝对万物的最聪明和最巧妙的安排，以及最终的原因，才对上帝有所认识。”

他在其代表作《自然哲学的数学原理》一书中这样写道：“如同生来瞎眼的人不了解光，我们无法明自神的智慧与全能。神的形像没有人看到、听到、接触到，更不是世上必朽坏的假神所能代表，……我们只能在他所创造的万物中了解他，神仍在掌权，我们都在他的掌管下。而做神没有掌管的权柄，没有永远的看顾，没有创世的起初，不过是虚无、有限，与大自然一样。……因着神的掌权，我们称它是主。”

正因为牛顿如此热爱上帝，纽约大学历史系教授曼纽在其所著的《牛顿传》中才感慨的说：“近代的科学是源自牛顿对上帝的默想。

而被誉为“18世纪英国最伟大的诗人”的亚历山大·蒲柏在一首诗中也形象的说道：

“自然和自然的法则在黑夜中隐藏；
上帝说，'让牛顿去吧！’于是一切都被照亮。”

牛顿留给后人最后的劝告是：“不管任何环境下，要守住耶酥基督救赎的真理与最大的诫命——爱人如己。”

1727年3月20日，基督徒牛顿回到了主的怀抱，英国以国葬仪式隆重的将牛顿安葬在威斯敏斯特大教堂。