潘朵拉星的原住民纳美人种族聚落在一棵大树“家园树”(home tree)的周围，纳美人的神艾娃跟这个大树是一体的，常常给族人展现神迹。

由于开矿需要，人类希望把家园树附近的纳美人迁居到其他地方，也为他们建好了新的安置区，但就是没有人要过去。人类财团负责人与科学家不理解纳美人为何住在大树附近，财团负责人一方面担心强制迁离会造成纳美人伤亡，影响公司形象。然而面对要维持公司高利润的巨大压力，所以打算必须要想办法驱离他们。

为了要了解纳美人，引导他们迁居，人类复制出跟纳美人一样的“阿凡达”，人类可通过电脑模拟使人的意识“阿凡达”结合，成为一个具有人类灵魂的纳美人，但这边的人必须睡在一个科学容器中与电脑保持连线才能控制“阿凡达”的躯体。

美国陆战队的伤残兵杰克(jack)为了生活，坐着轮椅乘太空船来到潘朵拉星参与这个任务。女科学家葛雷与杰克通过电脑模拟进入“阿凡达”的躯体，以纳美人的外型与纳美人交往，同时把情报送回人类财团那里。

通过与纳美人交往，杰克了解到纳美人不可能离开，他的上司从他的口述日记视频知道这点，觉得谈判迁移的方式不可行，决定出动武装部队发动攻击，对家园树发动导弹火箭攻击，造成纳美人死亡。

杰克与女科学家葛雷反对种作法，但受到财团武装部队逮捕与拘禁，部分科学家与武装战士看不过去，把他们救出，过程中葛雷受重伤，杰克觉的只有纳美人的神艾娃可以救她。杰克请纳美人为葛雷祈祷，让他们的神艾娃救她，但由于葛雷的身体受伤太重，最后还是死亡，正在葛雷濒临死的一瞬间，葛雷睁开眼对杰克说：“艾娃是真的存在，她现在在她那边。”

这时杰克决定要对带领纳美人对人类财团发动反击，过程中与人类财团发生激烈的战斗，战斗中杰克的纳美人女友被人类战斗部队包围，在非常危急之间，杰克通过心灵感应知道这情形，他强烈救人的心感动了纳美人的神艾娃，艾娃发动森林的巨兽、天上的巨形飞鸟同时对人类军团攻击。

经过一场激烈的战斗，人类财团被打败与投降，被遣返回地球。这时杰克已经不想做人类，在艾娃的帮助下，使杰克的灵魂离开人体，进入到阿凡达体内，使杰克成为真正的纳美人。@