进化假说认为，人和猿猴有一个共同的祖先，叫“始祖猿”，从这个共同祖先、经过漫长的历史时期，人和猿猴分别慢慢演化成现代人或现代猴两个不同的物种。细化的说法是，人是古猿到能人，再到直立人，再慢慢演变到有思想的智人，最后到现代人。人们将这个观点通俗地说成“人是猴子变来的”。

澳大利亚著名分子生物学家、墨尔本理工大学伊恩‧麦克里迪教授（Prof. Dr. Ian Macreadie）曾说：“真是想不通我们是从‘猿’进化来的。”⁶¹

达尔文主要根据解剖结构，认为猿和人长得相似、具有共同的身体特性，认为两者具有亲缘关系、源于同一个祖先。然而，解剖结构看起来外表相似，其实决定这些结构的基因、蛋白质的差异却非常巨大。

首先，人和猴子在社会伦理道德方面存在巨大差异。人是有智慧、有思想、能创造的“万物之灵”；人有道德伦理观、具有社会责任感，可以根据道德准则做出选择和判断。

而猴子只是在树上攀缘、在地上爬行的动物，猴子智力低下，主要受生理本能和动物社会行为的影响，没有人类的伦理道德观，也不具备价值判断能力，怎么能跟人类做比较呢？从这一点上来说，如果把人与猴子归为同类，就是对人的一种侮辱。这一点在后面章节里会详细论述。

第二，仅仅从一般生物学角度以及物理化学等结构层面来看，猴子和人之间，在骨骼、肌肉、大脑、蛋白质、基因的生物学结构上，都有很多本质的不同。

在药物研究中，任何动物实验都代替不了人体实验。在细胞生物学和分子生物学实验中，人们发现，即使能在动物模型中得到验证的实验结果，也还是无法在人体实验中被验证。这个基本常识，说明人和猴子之间有很大的生物学差别。

德国马克斯‧普朗克分子细胞生物学与遗传学研究所（Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics，​​简称MPI-CBG）在2016年发表的研究指出，人与被进化论认为的人的近亲黑猩猩的大脑结构有很多不同⁶²：首先，人的大脑大约是黑猩猩大脑的三倍；其次，人大脑表面的结构，称为“大脑皮层”，在记忆、注意力、意识和思维方面起着关键作用──在人类大脑皮层的细胞数量是黑猩猩同一区域的两倍，而且人大脑皮层中的脑细胞网络的行为也与黑猩猩有很大不同。

第三，基因组比较分析的研究证实人与猿猴的基因水平差异巨大，无法用渐进演化来解释。

不同物种之间分子水平的相似与关联曾经被视为能为进化论找到证据的期许之地。早在1975年，在一篇发表在《科学》杂志、后来被认为是里程碑式的论文中，Mary-Claire King和Allan Wilson讨论并总结了四种方法来比较人类和黑猩猩的蛋白或基因的差别及其结果：1. 蛋白的氨基酸测序；2. 免疫沉淀；3. 蛋白电泳；4. DNA杂交。⁶³

我们今天知道，只有第一种方法是可以准确比较差别的。那么在将近50年前，两位科学家在没有更好办法的情况下采用估算的方法倒也无可厚非。关键是，他们在只有8种蛋白的不完全测序、5种蛋白的免疫沉淀数据的情况下，得出的“迄今为止所检测的人类和黑猩猩的蛋白序列，平均来说，超过99%是相同的”的结论，竟然成了影响今后数十年的金科玉律，而这个结论却并非是作者这篇论文所要得出的主要结论。

三十年后，在另一篇后来被广泛引用的、发表在2005年《自然》杂志上、由美国麻省理工大学和哈佛大学牵头的研究论文中，作者们比较了人类和黑猩猩的基因组的DNA序列后，得出人类和黑猩猩的基因组序列差异为4%或者是相似度为96%的结论。⁶⁴

2005年的《自然》论文也同样存在严重的方法学缺陷，因为黑猩猩的基因组是以人类基因组为模板来拼接的。

即使存在严重方法学缺陷，得出来的4%的差异数字虽然看着不大，也已经代表了上亿个核苷酸的变化──具体说来，有三千五百万个单核苷酸密码子的区别；五百万个基因的插入（insertion）或删除（deletion）事件，代表着九千万个碱基对的变化；另外还有各种染色体的重排现象。⁶⁵

特别的是，研究组还鉴定出166万个高质量单核苷酸多态性（SNP）的差异、决定性别的Y染色体有1.9%的差异，这都代表着非常惊人的、非常巨大的差别。这些都是难以用达尔文的渐进演化理论来解释的。

总之，过去这类论文分析都存在重要技术缺陷，严重夸大了黑猩猩和人之间的基因相似性。

终于到了2018年，一篇在技术上趋于完善的对人类与猿猴基因测序和比较的论文在《科学》杂志上发表了。这篇来自美国华盛顿大学医学院基因组学系等机构的研究采用了PacBio的SMRT长读技术，每一个DNA片段可以读到十多万碱基对，这使得每一种基因组的拼接都是独立的，不是以人类基因为模板的。

在对这些独立拼接的基因组序列进行“多序列（multiple sequence alignment, MSA）”比较后，作者得出了“猿猴的基因组中有83%可以找到和人类基因做对比的序列”的结论，也就是说，有17%无法和人类基因组对比。⁶⁶

这里要指出的是，两个基因组的相似度是低于83%的，因为那些无法和人类基因组对比的部分的相似度低到什么程度，论文没有披露，而可以相比之处的相似度也没有给出，我们姑且假设是上述2005年《自然》论文所说的96%，那么猿猴基因组可以和人类基因组对比的部分的相似度应为：83%x96%=79%，因此人猿基因组整体的相似度不会高于80%。

另外，人与猩猩的染色体在数量和结构上也存在重要差别：人类有46条染色体，而黑猩猩有48条染色体。此外，染色体的构成方面也存在众多差异，如黑猩猩在18号染色体上有大量额外的端粒异染色质区域。⁶⁷

即使存在4%的基因差异（编码蛋白质的部分）就已经代表相当巨大的功能、结构和性状的变异。例如，不同狗之间的基因序列差异很小，只有0.15%，但是不同品种的狗之间已经表现出相当大的差异。

即使基因和蛋白质的一级基本结构可以一样，立体结构也可能不一样。举个简单例子，碳原子的排列程序不同，组合出来的分子结构也不同，可能成为石墨或金刚石。在基因和遗传物质领域，可能还有很多我们人类目前所不能认知到的其它许许多多因素，这些因素也在决定着生命的差异。

任何物种的变化都需要系统性的整体的变异才能形成一个独立的物种。假设人真的是从猴子进化来的，那么猴子需要在基因、蛋白质、细胞等等层面上同时发生许许多多的基因突变、蛋白质的结构和功能的无数的变化，而且，需要令人难以置信的快速突变率，从而导致新DNA的形成、数千种新蛋白质的形成以及数不清的细胞、器官、系统等层面的同时变化。

所以，鉴于猿和人之间基因、蛋白质、功能上的种种巨大差异，要想让这些变化同时快速发生，根本就是一个极其微小、极其微小、极其微小的小概率事件。如此小概率事件能够发生，不可能是进化，只能是有意图的设计。

现代生物学要证明一个理论的正确，需要从很多层面──基因层面、蛋白质水平、生化、表型、功能等等各方面来证明，提供各方面的翔实证据，而支持古代的猴子能进化成人的科学实验证据却一个也没有。因此，“进化论”所认为的人是由猴子变来的，根本就是不可能的。