始祖鸟（Archaeopteryx）曾经被认为是恐龙和鸟类之间的中间物种，被用来证明达尔文进化论。

然而，根据对始祖鸟的研究，始祖鸟的羽毛、骨骼、大脑结构和内耳结构都非常类似于现代鸟类。⁹⁷始祖鸟的内耳结构显示它具有良好的听力和平衡感。

北卡罗来纳大学动物学系的艾伦‧费杜西亚（Alan Feduccia）还在《科学》（Science）上指出，始祖鸟主要飞行羽毛中的羽片符合现代飞鸟的不对称模式──不对称特征的意义在于表明了它们飞行的能力⁹⁸。这里说明一下，现代飞鸟的身体轮廓羽毛是对称的，不对称性主要体现在飞行羽毛，特别是前缘与飞行气流紧密接触的羽片的不对称性尤其明显。

这些特征表明，始祖鸟已经具备了飞行的必要条件，而不是在进化过程中的过渡阶段。

始祖盗龙（Archaeoraptor）化石据称是自始祖鸟化石以来从肉食恐龙进化成鸟的最佳证据。德克萨斯大学奥斯汀分校地质科学系的蒂莫西‧B‧罗（Timothy B. Rowe）博士对来自中国的早白垩世地层产生的始祖盗龙化石的研究2001年3月发表在《自然》上，罗博士的研究发现所谓的化石是伪造品，是一种恐龙的尾巴和一种原始鸟类骨骼的混合物⁹⁹。

这篇文章的共同作者包括地质​​科学系的科学家理查德‧A‧凯查姆（Richard A. Ketcham）博士和助理研究员马修‧科尔伯特（Matthew Colbert ）博士、前脊椎动物古生物学实验室的坎布里亚‧丹尼森（Cambria Denison）博士及中国北京中央研究院古脊椎动物、古人类学研究所的徐星（Xing Xu）和位于加拿大艾伯塔省德拉姆赫勒的王家泰瑞尔古生物博物馆的菲利普‧J‧柯里（Philip J. Currie）博士。

因此，众多证据表明，始祖鸟不是鸟和恐龙之间的中间物种，也不存在两者之间的中间物种。