“进化论”是一个没有任何根据的假说，却被后来很多支持者附和，不断地给其理论体系填塞进去新的内容，即使后来人们探索到的与“进化论”背道而驰的科学发现，也都被放到“进化论”的“大框”里面，让人无法再有任何机会反对“进化论”。

在本系列文章的第三章的《中》篇里，我们列举了大量遗传基因学研究否定物种进化的例子。在第三章的《下》篇里，我们再继续列举一个被“进化论”体系利用的工具──“系统进化树”。

大多数中国人都知道家谱或族谱。如果你想追溯你的家族的起源和变化，你可以建立一个家谱，将你的祖先和后代连接在一起。

生物学领域由于受到达尔文“物种演化”错误观念的影响，人们发明了一个“系统进化树”。与系统发生树的概念类似，试图假设不同物种之间的演化亲缘关系，类似于人类家谱中各个成员之间的亲属关系。

在这个“系统进化树”中，每个物种就像是家族中的一个成员，而分支和连接的线条则表示演化中的分歧和共同祖先。你可以追溯某个物种的祖先、它与其它物种的关系以及它的后代，就像你在族谱中找到你的祖先和兄弟姐妹的信息一样。

人的确有家族渊源关系，可“系统进化树”是没有根据的假想之树。树上的“节点”是假想的，不同生物物种之间的亲缘关系是假想的。所谓的“大树”是一个根本就不存在的“假想之树”。研究系统进化树的科学家遇到的困难重重：到底选哪个基因？同样的数据，用不同的方法去分类，就会产生很不一样的辈分关系。刚刚还是爷爷，又被鉴定为孙子，辈分混乱。

究其根本原因，是因为达尔文的“物种进化”是一个错误的模型。用达尔文的错误的“物种进化”思想试图去理解生命的起源、解释生命基因的大数据，就像盲人摸象一样，永远也看不清。

大家都知道乐高（LEGO）玩具，数百个相似的零件，可以根据组装者的设计意图组合成许多不同的形状。每次组装出的产品都可以千差万别、截然不同，或是飞机，或是城堡等等，林林总总。那么这些飞机和城堡是否一定需要一个共同祖先、不同组装产品之间是否一定需要一个亲缘关系呢？在这一章节中，我们将从多个层面进一步阐述这些问题。

四、“系统进化树”的致命缺陷

达尔文假想的“进化树”，试图描绘一幅根本不存在的、生命从最简单的单细胞生物进化到人类的画面。我们在前面的章节已经用翔实的科学研究证据，从生物学研究的不同层面、不同角度反复论证了一个物种不可能变化成另一个物种的这个铁律。也就是说，达尔文假想的“生命之树”，根本上是一棵没有任何科学根据的、立不起来的“树”。

“系统发生树”或“系统发育树”（phylogenetic tree），原本是为了展示地球上观察到的生物的多样性、构建生物分类的基本工具，可用于各种生物物种之内的相似性分析。²³¹

不幸的是，自达尔文时代以来，这个原本与“进化论”风马牛不相及的分析工具，也被达尔文进化假说体系成功收编，成为一个被用来绘制达尔文假想的“进化树”的强大工具，被强行赋予“进化”的内涵，名称也经常被误叫成“系统进化树”。

不少人被貌似枝繁叶茂的“系统进化树”所迷惑，误认为现代分子生物学成功地为进化假说找到大量证据。但殊不知，所谓的“系统进化树”的主干跟“物种起源”假说一样，是被主观臆想出来的，是一棵没有根据的假想之树。

4.1 起源和变异

生物分类学之父林奈（Carl von Linné, 1707—1778）1753年发表《植物种志》（Species Plantarum），以拉丁文的属名与种名，开启了生物分类的序章。

林奈将植物与其生长环境的关系分为六种，并依照动物形体的结构，将其区分为“哺乳类”“鸟类”“两栖类”“鱼类”“昆虫类”和“蠕形动物类”。这是最早的以形态、生理结构和生活习性为依据命名生物的古典分类法。后人根据林奈发明的生物分类方法进一步去完善，把所有生物都按照界、门、纲、目、科、属、种进行分类。

这种分类法本身并没有什么错，各种生物本来就是千姿百态、共同生活在地球上，这就是物种的生物多样性。

Phylogeny这个词源于德语的Phylogenie，是系统发育、系统发生的意思，早期的系统发育研究主要建立在形态特征的基础上。可是，达尔文“进化论”的支持者、德国生物学家恩斯特‧海克尔（Ernst Haeckel, 1834—1919）在1866年编造了一个根本不存在的“胚胎演化图”之后，同一年还画了一棵错误的“人类系统进化树”，错误地给地球上的各种生物人为地定义了一个共同祖先，然后再按照假想的先后顺序在一棵树上表示出来。就像一棵大树，从一个主干开始，不断分化，一步一步长出枝条和树叶。²³²

就这样，“系统发生”的概念被强加上“进化”的内容，被利用来把达尔文“物种进化”假说的“生命之树”具象化，变成了一棵“系统进化树”，加强了达尔文的错误假说对人的错误引导。

有句英文成语说，一张图胜过千言万语（A picture is worth a thousand words）。好图用于传递真理和引人向善的信息，的确能起到巨大的正面作用，可是，图画这个强大的视觉工具，如果被利用来传递根本上虚假错误的信息，那么，一张图也坏过千言万语。

1966年德国生物学家威利‧亨尼格（Willi Hennig, 1913—1976）出版的《系统发育系统学》（Phylogenetic Systematics），成为系统生物学的基础。在这本书中，亨尼格坦率承认特别重要的“排序”的任务是如何艰难和复杂。²³³

当人们对物种的排序一筹莫展的时候，恰逢现代分子生物学的发展给人们带来了大量新的基因数据。刚开始看到这些数据的人，就像进入一个琳琅满目的糖果商店，感到十分兴奋。兴奋之余，人们就开始通过采用各种各样的基因数据和方法，组建各种各样的系统发生树。

人们通常会根据不同物种基因的差异程度构建进化树。进化树的每个节点（Node）代表共同祖先或导致物种分化的事件。树枝代表进化的分支，也称为演化支（clade），而树叶通常表示一个具体的物种。建构进化树时，可以使用有根法（rooted）来找到假定的共同祖先，或使用无根法（unrooted）无需假定共同祖先。

目前存在多种建构进化树的方法，包括邻接法（Neighbor joining, NJ）、似然法（Likelihood）、简约法（Parsimony）和贝叶斯法（Bayesian）。由于数据或方法的限制，有时候可能出现一个节点分出多个演化支的情况。

需要注意的是，这只是对建构进化树过程的简要描述，具体的方法和应用可能更加复杂且多样。

1990年，美国微生物学家卡尔‧沃斯（Carl Woese, 1928—2012）、德国植物学家和微生物学家奥托‧坎德勒（Otto Kandler, 1920—2017）与美国微生物学家马克‧L‧惠利斯（Mark L. Wheelis）提出了一个由古细菌、细菌和真核生物三个系统组成的“生命之树”。²³⁴

后来，人们根据生物体中广泛分布的核糖体RNA（rRNA）的小亚基16S(18S) rRNA的基因重建假设的生命进化树。²³⁵

由生物学家和数据库开发人员等合作开发的、提供所假定的物种演化的在线资源TimeTree，初版于2007年发布。

2015年TimeTree包含2,274篇发表的文章涉及的50,632个物种，以螺旋的形式呈现²³⁶。同年9月，发布了包含更多新物种数据的开放生命之树²³⁷。2016年发布的一种新版本，纳入了更多的基因数据²³⁸。2022年，第五版发布，包含4,075篇已发表的文章涉及到的137,306个物种，是迄今为止规模最大的版本。²³⁹

尽管“进化树”在整个发展过程中耗费了众多科学工作者的时间和精力，貌似越来越繁荣壮大，但其实它根本上是错误的，存在着与生俱来的理论缺陷。

4.2 假想的“节点”

构建“系统发生树”的一个大前提是，假定一个物种和另一个物种之间存在“共同祖先”。它是以现有的基因学证据或形态学证据推论过去发生的亲缘关系事件。

美国贝灵厄姆研究所所长（Bellingham Research Institute, Bellingham, Washington）、阿勒格尼-辛格研究所基因组科学中心基因组学和生物信息学兼职教授（Genomics and Bioinformatics at the Allegheny-Singer Research Institute’s Center for Genomic Sciences）、美国罗切斯特大学生物学名誉教授（Professor Emeritus of Biology, University of Rochester）巴里‧霍尔（Barry G. Hall）在2013年《分子生物学与进化》期刊上发表的关于如何构建系统发育树的指导性文章这样写道：

“（做）系统发育分析最基本的假设是，一棵树上的所有基因序列都是同源的，即来自一个共同的祖先。无论是否同源，都会用这个假设来比对基因序列。所有系统树都会根据该对齐方式构建。然而，如果这些序列实际上不是来自共同祖先，那么这棵树将毫无意义，而且很可能会产生误导。”²⁴⁰（The most basic assumption of phylogenetic analysis is that all the sequences on a tree are homologous, that is, descended from a common ancestor. Alignment programs will align sequences, homologous or not. All tree-building programs will make a tree from that alignment. However, if the sequences are not actually descended from a common ancestor, the tree will be meaningless and may quite well be misleading. ）

也就是说，“系统进化树”上不同物种之间的亲缘关系都是假想出来的，也就是说，树的“节点”是假想的、虚构的、根本就不存在的，那些看似枝繁叶茂的参天大树整个都是虚构出来的，根本就无法站立。

而且，目前未发现可以用来印证不同物种之间存在“共同祖先”的证据。考古学、地质学、分子生物学的大量证据表明，地球上的生命起源不是像达尔文所描述的那种单一、线性、漫长演化的模式，而且也没有先后顺序；相反，地球上生命具有“多次爆发→灭绝”的重复循环的特点。

很多科学研究都不支持物种演化假说，例如寒武纪突然集中产生的20至35个不同门类生物的化石²⁴¹，《人类进化》的DNA条形码快照研究发现地球上十分之九的物种都是在同一个时期（10万到20万年前）出现的²⁴²，犹他州的峡谷国家公园出土的3亿年前脊椎骨骼遗骸的化石²⁴³，还有许许多多早在进化假说所假定的人类出现之前的、更久远年代就已经存在的人类的脚印²⁴⁴，都构成了显明的反对达尔文所臆想的“物种进化”的铁证。

所以，地球上的不同物种的产生，没有时间上的先后关系，而是几乎同时、平行产生的，根本就没有共同祖先，这些节点也根本不存在。所谓的参天大树是不存在的，实际上可能只是一个个矮小的“灌木”丛。

不同物种基因之间的相关性以及同一物种内的变异度可能是存在的，但这些都不能证明不同物种之间的“宏进化”，即不同节点之间的物种的跳跃。

4.3 虚构的“目录”

由于系统进化树一定要把地球上林林总总的生物按照不同类别、假定的物种产生时间做一个排序，就牵扯到分类的问题。

在传统分类当中，各个类群都有着比较清晰的鉴定特征。例如哺乳动物的特征包括胎生哺乳、有毛发、恒温等等，鸟类的特征包括有羽毛、具有喙、卵生等等。

但是，分类方法是一种人为的产物，在等级划分和命名上往往有非常强的主观性。

打个比方，我们用电脑管理文件的时候，一个个的文件是客观个体，但是目录结构是人为划分的，每个目录里面摆放什么文件也是人定的。一个文件，既可以放到目录A中，也可以放到目录B中，也就是文件与文件之间的位置关系是人定的。这类似于一个个物种是存在的，但是物种之间的亲缘关系是人为假想的。

一些生物的奇特的结构和功能也带来许多不解之谜，比如章鱼。

章鱼具有非常奇特的身体构造，它有3颗心脏、8个腕足和极其复杂的大脑及神经系统²⁴⁵。章鱼有5亿个神经元，除了主要的中央大脑，章鱼的每条腕足都有一小群控制运动的神经细胞，相当于还有8个独立的迷你大脑²⁴⁶。

章鱼具有一些超凡脱俗的能力：可以解决谜题、改变自己的形状和颜色，甚至编辑自己的基因。与人类的基因组相比，章鱼的蛋白质编码基因多出了33,000个，而且几乎每个蛋白质编码基因中，都存在广泛的保守的腺苷到肌苷（A-to-I）mRNA编辑位点。与之对比，人类只有1%～3%的蛋白质编码mRNA具有类似位点²⁴⁷。

更令人意外的是，被归类到软体动物中的头足类的章鱼，在5亿年前就出现在地球上了。它的这种复杂而又独特的结构和功能让科学家十分困惑：在系统进化树的哪里去摆放它的位置呢？这真是一个巨大的难题。

正当科学家倍感困惑的时候，2018年，英国白金汉大学天体生物学家、美国密歇根州生物物理中心的一批学者与来自澳洲的学者大胆地在《生物物理学和分子生物学进展》（Progress in Biophysics and Molecular Biology）上发表论文提出，章鱼可能是寒武纪大爆发时，附着在彗星上降落在地球的生物。²⁴⁸

关于“章鱼到底是怎么来的”这个问题的答案，我们在后面的章节会继续探讨，但是，科学家这个大胆的猜想，其实反映了人们对地球上生物无比复杂、实在无法理解的一种大胆思索。至少这种思维打破了达尔文只把地球当作一个封闭的体系来看待的那种狭隘、片面地解释生命起源的模式。

其实每个物种是独立存在的，物种之间被强加的进化关系，也就是被“系统进化树”虚构出来的“目录”路径，根本就不存在。

4.4 拓扑学错误

系统发育分析是一项复杂繁琐的任务，需要大量的数据处理²⁴⁹。例如，比较不同位点的测序分类群、处理缺失数据以及对所有位点的分析进行复制和比较。在系统进化树的分析过程中会出现不可避免的拓扑学错误。

拓扑学是一门研究空间形状和连接性质的数学学科，就像孩子们玩的“橡皮泥”，俗称“橡皮泥几何”。它主要关注的是物体的变形、拉伸和弯曲。可以把它想像成探索物体之间如何连接在一起的方式。

拓扑学的理论在进化树中得到应用。系统进化树的拓扑学错误可以用一个比喻来解释，想像你要绘制一个家族树，表示家族成员之间的亲属关系。如果你在绘制家族树时，错误地将某些人归类在不正确的分支上，或者遗漏了某些人的亲属关系，那么这就是家族树的拓扑错误。这个错误可能会导致家族树不能准确地反映真实的亲属关系。

同样的，系统进化树的拓扑学错误指的是在建构生物进化关系的树状图时，出现了类似的错误，使得物种之间的关系图不准确，将不同物种之间错误连接或者错误地将某些物种归类在同一分支上。

早在1989年，享誉世界的美国国家科学院院士、美国遗传学会主席迈克尔‧林奇（Michael Lynch, 1951—）在《进化》（Evolution）期刊上发表文章指出：“进行亲缘树分析时可能出现很多问题。如果物种之间的分歧只是由于随机漂移和突变引起，六个或更多物种之间距离的系统发育树几乎总是包含拓扑错误。……进一步考虑到物种之间不断的选择差异，将导致完全消除准确建树的可能性，当然也包括系统发育树的分支点。”（Even with enormous amounts of data, phylogenetic trees fitted to the distances among six or more species will almost always contain topological errors if the mode of divergence has been random drift and mutation. ……Moreover, on closer consideration, it appears that the realization of the assumption of constant selection differentials between species would eliminate completely the possibility of identifying the branch points in a phylogeny.）²⁵⁰

简单总结，即使在最简单的中性突变的模型下，当通过输入种种数据来重建系统发生（生物进化）的关系时，当数据超过六个物种的时候，就已经无法重建物种之间的系统发生（生物进化）关系了。

也就是说，简单的树只要稍微大一点，六个或更多物种之间无法保证不出错，更不用说复杂的树的模型了。因为现有进化论模型无法应对生物复杂性，好比物理学里的多体问题或量子力学里的测不准原理。上面的分析其实是推导出了分子生物学里的测不准原理。

可是为什么这么多的大数据依然无法建立起一棵稳固的系统进化树呢？

究其根本原因，是因为达尔文“物种进化”是错误的假说。用达尔文的错误的“物种进化”思想试图去理解生命的起源、解释生命基因的大数据，就像盲人摸象，永远也无法获知大象的全貌；又像海中捞月，永远只能是幻想。

所以人们在开始“建树”时往往热情高涨，可是实际应用起来，往往是困难重重。比如越是行业内、领域内的精英人士，越是心知肚明一件事──“系统进化树”有这样一个与生俱来的“拓扑”错误，直接否定了这棵树的可行性。很多的建树的文章，往往只是为了获取学位所走的过场，而并非为了获取什么真正的知识。这个缺陷打中的是“进化树”的死穴，它是一棵根本不可能立起来的树，因为它必倒无疑。