当人们刚刚获得大量基因组数据的时候，如获至宝，以为找到了一个很好的用来描绘“生命之树”的工具。可是经过一段时间的应用之后，人们越来越发现，基因数据出现的自相矛盾的情况越来越多。

正如1998年美国《科学》期刊的科普作家伊丽莎白‧彭尼西（Elizabeth Pennisi）在《科学》期刊上发表的标题为“基因组数据撼动生命之树”的文章指出的那样：“这些基因数据给人们带来的混乱远远多于启发。”²⁵¹

5.1 不同基因，不同结果

首先，进化论支持者通常假定所有生物都起源于一个祖先，试图寻找在生物基因里面“进化上保守”（也就是通常稳定不变）的基因序列。而到底选择哪个基因来构建“进化树”，可谓是一个“见仁见智”的问题。

美国分子遗传学家费尔德曼（Rorbert Feldman）接受彭尼西的采访时表示：“用什么样的基因，就会得到什么样的进化位置。”²⁵²

举个例子，细菌研究领域里，美国微生物学家和生物物理学家卡尔‧理查德‧沃斯（Carl Richard Woese, 1928—2012）提出来，根据细菌核糖体（Ribosome）的小亚基的保守成分16S rRNA基因序列来确定细菌的相似度，以此来确定不同细菌的亲缘关系。²⁵³

可是人们后来发现，不同物种之间不光是垂直的传宗接代的关系，不同物种之间还存在不可思议的基因水平转移（horizontal gene transfer），指生物将遗传物质传递给其它细胞而非其子代的过程的现象，导致进化树的结构更加混乱。所以彭尼西在《科学》文章中还指出：“但新测序的微生物基因组以及与酵母等真核生物基因组的比较，使这一清晰的图景变得混乱，引发了对所有生命分类的怀疑。”²⁵⁴

5.2 混乱的“家谱”辈分

另一个大问题是，同样的数据，采用不同的算法，会得到不同的系统发生树的结果。最后经常是“公说公有理、婆说婆有理”，造成长期争论。

大家都熟悉族谱，在族谱里，同一世代的人被放在同一水平位置上，兄弟姊妹是一代，父母是一代，祖父母是一代。

在系统进化树中，如果用不同的基因或不同的分类方法，可能出现很不一样的辈分关系。

一个典型的例子是学术界对裸子植物亲缘关系的争论，纷扰近30年却仍未有定论。裸子植物可分为苏铁、银杏、柏类、松类和买麻藤类，与被子植物一起组成种子植物。过去的观点认为买麻藤与被子植物亲缘较近，但基于DNA研究的演化生物学已推翻了这一观点。现在有多个猜想，其中一派认为买麻藤与松类最相近，另一派认为买麻藤与柏类最相近，还有一派认为买麻藤是其它裸子植物的姊妹群，还有另一派认为买麻藤是其它种子植物的姊妹群。²⁵⁵

结果出现了不同观点的人各执一词、谁也说服不了谁的局面，五种不同的“进化树”同时共存。每一种进化树中，不同种的植物所处的辈分，一会儿是孙子、一会儿是爷爷，就好比同一个人在一个家族里面，用一种方法分析是爷爷辈的，用另一种方法分析又被鉴定为孙子辈，真是让人啼笑皆非。

与之类似，山雀的谱系也是五花八门。虽然将多个基因视为单个进化单位是一个很诱人的假设，但许多问题可能导致出现完全不同的系统进化树。²⁵⁶

5.3 “以不变应万变”的生存伎俩

“进化论”支持者在构建“进化树”的过程中，为了自圆其说而填补漏洞，去解释达尔文提出的原版、线性、单一的“进化论”所无法解释的现象，有目的地引入了平行进化（parallel evolution）²⁵⁷、发散进化（divergent evolution）²⁵⁸、趋同进化（convergent evolution）²⁵⁹等等新概念，不断扩展原版进化论所涵盖不了的“进化”模式。

比如，为了解释为什么章鱼的眼睛具有与人的眼睛相同的复杂结构，就提出了所谓“平行进化”；再比如为了解释为什么狗和狼的共同祖先能分别进化出狗和狼这么不同的物种，就提出了所谓“发散进化”。

可是，殊不知，这些被设计出来的进化新模式，早已经打破了原版达尔文的框架，原版的“进化假说”已经不知不觉嬗变为一个奇奇怪怪的理论体系。而进化论支持者不管生物如何千变万化，有一个中心思想是永恒不变的，那就是永远都要在“进化”的框子里面演变，永远都将其归入“进化树”的形形色色的变化模式之中。

这就是“系统进化树”为了应对各种难题和困扰所采取的“以不变应万变”的生存伎俩。