除了上述的局限性，目前所采用的基因都是编码蛋白质的基因，而其实生物体内还有大量的非编码基因，这些基因在“系统进化树”中的位置，甚至根本没有体现出来。

7.1 基因里的“黑匣子”

人们曾经认为，人类的98%的基因都是由毫无意义的非编码、无功能的DNA组成的，又被称为“垃圾”DNA。最近的发现表明，这与事实相去甚远。²⁶⁴

人类基因组有大约20,000个蛋白质编码基因，其中包含制造构建、维护和修复我们身体所需的特定蛋白质的指令。这些基因仅占我们基因组的2%，长期以来，我们DNA的其余98%被认为是“垃圾”。然而，在过去十年中，研究人员越来越多地使用全基因组测序和其它“组学”技术，对非编码区域有了重新认识。

基因使用三碱基密码来指定将形成特定蛋白质的氨基酸序列。编码蛋白质的DNA密码不是直接读取的，首先细胞会在一种非常相似的RNA分子中制作一个拷贝，这个过程称为转录。RNA包含编码蛋白质的外显子区域以及被称为内含子的非编码区域。

然后，内含子被移除，外显子被“拼接”在一起形成mRNA（信使RNA），这需要剪接体（spliceosome）的精密控制，在正确的位置将内含子切掉并将外显子连接在一起。这必须是在正确的方向和位置，如果外显子连错一个核苷酸，就会产生巨大的差异。最后，被剪接后的RNA分子在核糖体的帮助下，被解码合成蛋白质。

如果进化论是正确的，自然选择为什么会让那些被认为是垃圾的98%的基因存留下来？为什么生物会进化出如此精密复杂的内含子序列，还有如此复杂的剪切步骤才能拼接出DNA中的有编码的区域？这个过程似乎浪费了大量的时间。

认为内含子无用的认识，其实是荒谬的。人们不知其功能，并不意味着内含子没功能。

这种非编码DNA已被发现有许多用途，有充分的证据表明，它作为精心设计的遗传信息网络的一部分，具有重要作用。例如对整体基因组结构和功能进行调控。一些被称为microRNA（miRNA）的非编码RNA可以调节其它基因编码的蛋白质的产生，并且在人类、小鼠和斑马鱼体内的功能几乎相同。所以，把它当作垃圾DNA，是错误的。

7.2 蕨类植物撼动进化树

根据“进化树”的假说，进化树上较早出现的物种和较晚期才出现的物种相比，遗传物质应该更加简单、数量应该更少。可是人类有23对染色体，鸟类通常有40对染色体，更令人惊讶的是，起源于非常久远年代的一种小小的蕨类植物，竟然拥有现有地球生物中最多的染色体──720对。水蕨的基因组具有123亿个碱基，是人类基因组的3.8倍多²⁶⁵。

如果进化假说成立的话，生命应该由简单向复杂进化，为什么古代的生物会有这么多的染色体，而地球上具备最高等智慧的生物──人类，所拥有的染色体和基因数量还不如古代的一种植物呢？外表简单、基因却如此复杂的蕨类植物，显然无法用进化假说来解释。

难怪分子遗传学家罗伯特‧费尔德曼（Robert Feldman）认为：“我认为‘生命之树’的这三大区域（古细菌、细菌和真核生物）是否会站得住脚，是一个悬而未决的问题。”²⁶⁶

所以达尔文进化假说根本无法解释物种在基因上的巨大差异；而物种基因的差异，更无法推出达尔文所假定的亲缘关系。达尔文进化假说再一次被证明是错误的。

进化树是根本就不存在的“假想之树”，分子钟也是根本不存在的“假想之钟”。

因为进化论长期的影响，人们已习惯被灌输“系统进化树”所描述的生物起源假说，这样的思维模式已深入人心。若否定了系统发生树这样的理论，可能会让许多人难以接受，特别是在分子生物学领域工作的人，他们会说：“我们每天都在进行基因测序和分析基因突变的相关研究。如果一下子没有了系统发生树，那么一切物种又是从哪里来的呢？我们又该干什么呢？”

其实，所有事物都有起源，就像宇宙也有其诞生过程一样，万物也都有一个起源和建立的过程。大家都知道乐高（LEGO）玩具，数百个相似的零件，可以根据组装者的设计意图组合成许多不同的形状，每次组装出的产品都可以千差万别、截然不同，或是飞机，或是城堡等等，林林总总。

那么这些飞机和城堡是否一定需要一个共同祖先、不同组装产品之间是否一定需要一个亲缘关系呢？实际上，进化论起源于无神论的思考方式，仅仅基于对物质世界的表面观察，并套用了错误的理论和分析方法，得出了错误的结论的同时，使人加深了对无神论的盲目膜拜、放弃了对生命的精神和灵魂层面的探索。

既然我们已经发现乘坐的是一艘漏洞百出的破船，何不干脆放弃、另外找一个更安全牢固的船舶顺利到达目的地？没有了“系统进化树”、没有了进化论，地球照样运转，物种照样繁荣。放下了深重思想枷锁的人，可能更有时间、更有机会来深入思考生命现象的本质，探索生命和大千世界的奥秘。在接下来的章节中，我们将从更多层面对此进一步阐述。