无论从理论到实验、从宏观到微观、从历史到现代、从细胞到分子、从传统和现代生物学的角度，无论何时何地、用何种方法透视进化假说，人们都没有找到任何支持进化假说的证据；相反，下面十三个方面的错误，足以否定进化论，总结如下：

第一，以偏概全：达尔文一开始就犯了基本逻辑错误，用种内变异（后被称为“微进化”）的例子错误地推导出种间进化（后被称为“广进化”）的结论。

第二，混淆概念：用“微进化”鱼目混珠、模糊其与“宏进化”之间的巨大差异，达到混淆视听的效果。

第三，验证失败：科学家做了各种各样的实验，包括米勒烧瓶实验、乔伊斯等做的RNA实验和兰斯基的大肠杆菌实验，试图验证进化假说，结果都以失败告终。

第四，违反自然规律：亘古不变的“活化石”和“人工育种”不产生新物种等基本科学事实，都证明环境不能改变物种。达尔文的进化思想违反了自然界物种保持稳定的铁律。

第五，人不是猴子变的：猴子和人之间，从生物学、基因、蛋白质、社会学和思想行为方面来看都差异巨大，本质完全不同；没有化石证明人猿先祖的存在，没有任何证据能证明或推导出猴子可能进化成人。

第六，不是“慢慢演化”而是“突然爆发”：没有一块化石能证明进化假说，寒武纪化石和线粒体DNA研究提示地球上的生命是以大爆发的形式产生的；地球上的生命不是单一线性慢慢演化，更可能是多次爆发→灭绝的重复循环。

第七，不是“自然选择”而是“有意设计”：长颈鹿的脖子为什么这么长？“进化论”所解释的食物短缺和性选择假说都是牵强附会的无稽之谈；达尔文在《物种起源》中坦率承认“如果以为眼睛是可以通过进化形成的，那就真是荒诞到极点”。

第八，看似“结构退化”其实“大有用处”：人体功能十分复杂精妙，不是人眼所看到的大小结构反映出来的，结构不能代表功能，结构变小不代表功能上变弱，例如切除扁桃体可能会增加感染、肺病等发病风险；松果体虽然萎缩，但对内分泌、神经、视觉、生殖和免疫都发挥着重要作用；胸腺虽然萎缩，却还具备调节内分泌、神经和寿命的功能。

第九，不是“残酷竞争”而是“共生互惠”：尽管在自然界中也存在竞争和求生的压力，但达尔文错在把它绝对化、极端化地描述成为一种规律，用这种弱肉强食、残酷竞争的冷酷关系，定义自然生物之间的基本关系，以此作为“物种进化”的动力，而其实，自然界生物之间能够稳定繁荣下去的基本关系是“共生互惠”，共生互惠的基本关系有助于维持物种的多样性和生态的稳定性。生物界中“共生互惠”的例子俯拾皆是，已有科学实验证明老鼠和猩猩都自发地帮助弱势同伴，何况有理性、有道德的人？有些人把基因说成是“自私”的，但基因本身并没有道德或善恶的概念，人作为有理性和道德的生物，可以自觉地追求道德和善良。

第十，不是“科学事实”而是“欺骗造假”：在博物馆、科学论文、教科书中，后人为了支持进化假说而编造出来的假证据比比皆是。德国海克尔编造的“胚胎重演论”“皮尔敦猿人”被BBC称为英国史上最大的科学骗局，所谓的“内布拉斯加男子”原来是猪。

第十一，生命的复杂高效否定“进化”：生物系统、细胞极为复杂，且可以高效运作，绝对不可简化。且不说让达尔文感到震撼的眼睛，真核细胞就像一个最先进的笔记本电脑，肝脏细胞就像人体的生化工厂，细菌鞭毛堪称高效精密的分子马达，人体的免疫系统像是一个智慧奇妙的海陆空防御系统，神经系统像是一个复杂精妙的信息接收处理系统，这些都完全无法用进化假说进行解释。

第十二，基因与“进化”背道而驰：大量基因研究的现代成果毋庸置疑地说明大部分基因突变其实是“有害”的，生命主旋律不是“进化”，而是“退化”。中性学说从根本上动摇了自然选择假说，也就是某个基因能不能被保留下来，不是靠环境选择，而是靠某种不可知的“运气”；“定向突变”也对达尔文进化假说体系的“随机突变”理论形成巨大挑战。

第十三，“系统发生树”是没有根据的假想之树：树上的“节点”是假想的，生物界不同物种之间的亲缘关系是假想的；在系统进化树的分析中会出现不可避免的拓扑学错误。用达尔文错误的“物种进化”思想试图去理解生命的起源、解释生命基因的大数据，就像盲人摸象，永远也无法获知大象的全貌，又像海中捞月，永远只能是幻想。

开始拿到基因数据的科学家如获至宝，可是难题纷沓而来：到底选哪个基因？同样数据，用不同的方法分类，会产生很不一样的辈分关系。刚刚还是爷爷，又被鉴定为孙子，辈分混乱；不同速率滴答作响的分子钟也让人无所适从，无论用哪个分子钟，都能推导出自相矛盾的结果，这一点足以证明“进化树”是一个完全错误的理论体系；基因里的“黑匣子”非编码DNA，更是让科学家无从下手；一种小小的蕨类植物，居然拥有地球生物中最多的染色体，这也足以撼动进化树。

总而言之，进化假说没有任何科学凭据，本质上违反基本科学精神、违反科学原理。进化假说是伪科学。