在建树（《透视"进化论"》第三章(9)：自我矛盾的“系统进化树”）的过程中，人们通常会用到分子钟（Molecular clock）技术，分子钟也叫基因钟、演化钟，也就是根据某些基因的突变率推断两个或多个生物在演化历史上分离的时间，因此，分子钟已成为系统进化分析的重要组成部分和重要工具。²⁶⁰

经常被用来判定生物亲缘关系远近的蛋白质的基因有：细胞色素C、组蛋白、血红蛋白和纤维蛋白肽等。根据不同的蛋白质来计算，会有一个不同的分子时钟。

例如，细胞色素C（Cytochrome C）位于细胞内的线粒体之中，是生物氧化过程中的电子传递体。其作用原理为在酶存在的情况下，对组织的氧化、还原有迅速的酶促作用。进化论学者通常认为细胞色素C是一种进化上保守的分子，所以它经常被用来分析生物之间的亲缘关系。

微生物学家迈克尔‧道顿（Michael Denton）博士在《进化论：陷入危机的理论》（Evolution: A Theory in Crisis）中指出²⁶¹：

“人和鲤鱼的血红蛋白序列相差50%，细胞色素C仅相差13%。如果进化假说是正确的，血红蛋白分子钟在以比细胞色素C更快的速度‘进化’。也就是说，有两种以不同速率滴答作响的分子钟。

“不仅如此，由于有数百个不同的蛋白质家族，每个家族都表现出其独特的种间变异程度，有些大于血红蛋白，有些远小于细胞色素，因此不仅仅是两个时钟，而是数百个蛋白质家族，每个家族都被视为以其独特且高度特异性的速率运行。”

毫无疑问，不同蛋白质的不同“进化速率”已经成为人们描绘“系统进化树”一个不可逾越的分子壁垒。因此，分子钟自首次使用以来的几十年间，从最早的、简单的同速模型，已经变得越来越复杂，建立模型和方法也越来越复杂。选择什么样的分子钟模型来建树，绝不是一项简单的任务。²⁶²

问题的复杂性不仅仅如此，使用任何一种所谓的“进化上保守”的蛋白质分子来构建“系统进化树”，都会出现与之前按照“进化论”所假设的前提相矛盾的结果。

道顿还指出：“尽管细胞色素C序列在不同的陆生脊椎动物中有所不同，但它们与鱼类的序列是等距的。在分子水平上，没有鱼类→两栖动物→爬行动物→哺乳动物的进化轨迹。因此，传统上一直被认为介于鱼类和其它陆生脊椎动物之间的两栖动物，在分子方面与鱼类的距离与任何爬行动物或哺乳动物的距离一样远！对于那些熟悉脊椎动物进化的人来说，这个结果确实令人吃惊。”²⁶³

没有迹象表明，被进化论认为的“高等”生物比“低等”生物“进化”得更多。

原核生物细菌的细胞色素C的氨基酸序列，与酵母、小麦、蚕蛾、鸽子和马等真核生物，都具有接近的相似度（64%～69%）。脊椎动物如七鳃鳗、鲤鱼、乌龟、鸽子和马的细胞色素C序列，与无脊椎动物蚕蛾的细胞色素C差异程度都相近（27%～30%）。比较鲤鱼和牛蛙、海龟、鸡、兔、马的细胞色素C，其差异均为13%～14%。

也就是说，没有中间过渡类型的细胞色素C，这一点，与第一章提到的没有中间过渡物种类似，再一次否定了达尔文所提出的物种从低到高慢慢进化的错误假设。

这些分析表明，如果进化树的概念是存在的，而且细胞色素C基因的变化可以代表整个基因组的变化的话，应该出现从圆口纲脊椎动物→鱼→两栖动物→爬行动物→哺乳动物或鸟按照进化关系远近成比例的细胞色素C基因的差异，但是并没有这些证据，反而证明了各种物种的产生应该是突然爆发的，基本是平级的关系，就像线粒体DNA条形码研究分析的结果那样。

总之，无论用哪一个“分子钟”，都会出现与“进化假说”理论发生矛盾的结果，不能自圆其说。

也就是说，即使用“进化树”“分子钟”的理论来计算，还是推导出与“进化树”自相矛盾的结果，有力地证明了这个所谓的理论体系根本就是错的。